JITCO的事业计划、预算等基本事项，由理事会、评议员会审议决定，并按此开展事业。为了有效且顺利地实行具体事业，配备了以下体制。

在本部，除了「总务部」，还设置了实行各种事业的四个事业部：「申请支援部」「国际部」「实习支援部」「讲习业务部」。在地方上，设置了12处驻地方事务所。除了一般职员，还配备了专门职员（点检指导员・技能实习过渡指导员・日语指导顾问・安全指导顾问・心理健康顾问・劳动灾害保险咨询员）、外国人咨询员等。